Načrt ravnanja z raziskovalnimi podatki (NRRP) služi kot orodje za ravnanje s podatki v izbranem projektu oziroma raziskavi. V njem so zajeti vsi koraki življenjskega kroga raziskovalnih podatkov. V fazi priprave raziskave je vloga NRRP predvsem strateška, pozneje med izvajanjem raziskave pa vedno bolj operativna. Pri večjih raziskavah služi NRRP vsem projektnim sodelavcem in sodelavkam za hitro razumevanje vseh postopkov ravnanja s podatki v okviru projekta.
Splošni NRRP običajno sestoji iz več poglavij, ki pa se lahko razlikujejo glede na zahteve financerja ali orodje, s katerim dostopamo do njega.
Praviloma se NRRP začne z razdelkom, v katerega vpišemo osnovne informacije o projektu, ki bodo omogočile njegovo identifikacijo ter identifikacijo odgovornih oseb, pravna razmerja med sodelujočimi partnerji ter finančna sredstva, potreba za ravnanje s podatki. V uvodnem razdelku praviloma tematiziramo naslednje vidike:
- Opis raziskave: na kratko predstavimo vsebino projekta, opredelimo raziskovalno vprašanje, trajanje projekta.
- Splošne informacije: vpišemo informacije, kot so šifra in naziv projekta ter podatki o vodji projekta. Priporočljivo je, da poleg kontaktnih podatkov pri vseh osebah navedemo tudi njihove ORCiD identifikatorje.
- Oseba, odgovorna za ravnanje z raziskovalnimi podatki: določimo osebo, ki bo v raziskavi odgovorna za pregled nad pripravo in izvedbo NRRP skozi ves življenjski krog raziskave. Pri raziskavah, kjer je vključenih več partnerskih organizacij, opišimo vloge in odgovornosti za ravnanje z raziskovalnimi podatki, npr. zajem podatkov, priprava metapodatkov, kakovost podatkov, hramba in varnostna kopija, zaščita podatkov in deljenje podatkov. Opišimo tudi, kako bo potekala koordinacija med partnerji.
- Veljavna zakonodaja ter interni pravni akti sodelujočih institucij: vpišemo, katere predpise oziroma interne pravne akte bomo upoštevali pri ravnanju z raziskovalnimi podatki. Opišemo, kako bomo razrešili morebitne konflikte med različnimi določili. Opredelimo morebitno potrebo po pripravi in podpisu konzorcijskega dogovora med partnerji o ravnanju z raziskovalnimi podatki.
- Finančna sredstva: opredelimo stroške, povezane z ravnanjem s podatki, mednje sodijo tako posredni kot neposredni stroški, povezani z zbiranjem, obdelavo, shranjevanjem, zaščito, ponovno uporabo, varnostjo ipd. To so lahko npr. stroški hrambe, strojne opreme, osebja, priprave podatkov za arhiviranje in storitev repozitorijev.
- Verzija obrazca NRRP: NRRP je živ dokument, ki ga tekom raziskave posodabljamo, zato skrbimo za redno verzioniranje.
Iskanje podatkov
Z iskanjem podatkov v relevantnih podatkovnih virih proučimo, kakšni podatki so že na voljo na izbrano temo, seznanimo se z metodologijo, merskimi instrumenti in drugimi pristopi, uporabljenimi v podobnih raziskavah. Ugotovimo tudi, ali je utemeljeno zbirati nove podatke.
V NRRP pojasnimo, ali so taki podatki že dostopni in jih bomo lahko uporabili za naše raziskovalne namene ali pa bomo morali na novo zbrati oziroma ustvariti.
- Če bomo uporabili že obstoječe podatke: navedemo imena podatkovnih datotek in njihov izvor. Opišemo, kakšen je namen ponovne uporabe (npr. preverjanje ponovljivosti raziskave, nadgradnja raziskave, longitudinalne študije).
- Če bomo zbirali nove podatke: utemeljimo potrebo po zbiranju novih podatkov. Npr. opišemo vire, ki smo jih preiskali in navedemo razloge oziroma morebitne ovire, ki preprečujejo njihovo ponovno uporabo.
Zbiranje podatkov
Zbiranje in ustvarjanje podatkov je temelj znanstvenih raziskav, saj zagotavlja podlago za analizo in objavo. Ključni koraki vključujejo opredelitev vrst podatkov, formatov in standardov, pojasnitev namena ustvarjanja ali ponovne uporabe podatkov ter ravnanje z drugimi raziskovalnimi rezultati. V NRRP:
- Določimo in dokumentiramo vrste podatkov, ki jih je treba ustvariti ali ponovno uporabiti: navedemo njihove formate, velikosti in podrobnosti o dostopnosti in shranjevanju. Podatki so lahko številčni, besedilni, slikovni, geoprostorski, avdio/video ipd. Izberemo odprte in standardne formate, ki omogočajo deljenje in uporabljivost podatkov. Zagotovimo uporabo ustreznih standardov, ontologij in nadzorovanih besednjakov za izboljšanje interoperabilnosti in dolgoročnega dostopa. Priporočljiva je priprava tabele, ki vsebuje vsa navedena merila.
📌Primer s področja naravoslovja in ved o življenju
| USTVARJENI PODATKI |
Transkriptomika |
(Fosfo)proteomika |
Metabolomika |
Fenotipizacija |
Regulatorna omrežja |
| Format |
fastq |
surovi podatki, ms |
surovi podatki, ms |
csv, txt, tiff, surovi podatki |
n.a. |
| Pričakovana velikost |
< 500 GB |
< 10 GB |
< 100 GB |
500 GB |
< 1 GB |
| Standard minimalnih informacij |
MINSEQE, MIQE |
MIAPE |
CIMR |
MIAPPE |
MIRIAM |
| Podatkovni standard |
MAGE-TAB |
mzidentML, mzQuantML |
mzML |
/ |
SBGN, SBML |
| Ontologije in nadzorovani besednjaki |
GO, KEGG, MapMan |
GO, KEGG, MapMan |
GO, KEGG, MapMan |
CropOntology, PO, PTO |
SBO |
| Trajno skrbništvo |
GEO, SRA |
PRIDE |
MetaboLights |
GitHub & Zenodo, FAIRDOMHub |
GitHub & Zenodo, FAIRDOMHub |
📌Primer s področja družboslovja
| USTVARJENI PODATKI |
Anketa |
Intervju |
Fokusne skupine |
| Format |
kvantitativni podatki, SPSS (.por, .sav) |
besedilna datoteka, format ODT (.odt) |
besedilna datoteka, format ODT (.odt) |
| Pričakovana velikost |
2 datoteki, <1MB |
30 datotek, <1MB |
5 datotek, <1MB |
| Metapodatkovni standard |
DDI |
DDI |
DDI |
- Pojasnimo namen ustvarjanja, zbiranja ali ponovne uporabe podatkov: in kako je to v skladu s cilji projekta. To vključuje opis, kako podatki prispevajo k reševanju raziskovalnih vprašanj ali preizkušanju hipotez, ter poudarjanje vloge novo ustvarjenih in ponovno uporabljenih podatkov pri izboljšanju znanstvenega, tehnološkega ali družbenega učinka projekta. Zagotovimo, da je povezava med podatki in cilji projekta jasno kontekstualizirana, da se poudari njen pomen pri doseganju želenih rezultatov.
📌Primer s področja naravoslovja in ved o življenju
Za razumevanje odzivov rastlin na abiotski stres zbiramo podatke na več ravneh, vključno s transkriptomiko, proteomiko in metabolomiko. Ti podatki so ključni za izboljšanje strategij žlahtnjenja za podnebju prilagojene sorte. Izbrani podatkovni formati, standardi in ontologije (glej tabelo zgoraj) zagotavljajo združljivost z zaupanja vrednimi repozitoriji, kar omogoča dolgoročno dostopnost za prihodnje raziskave.
- Razložimo, katere druge raziskovalne rezultate načrtujemo ustvariti ali ponovno uporabiti: poleg raziskovalnih podatkov lahko pri raziskavah nastanejo še številne druge oblike raziskovalnih rezultatov, kot so računalniška koda, modeli, standardi, patenti, protokoli, anketni vprašalniki, novi materiali ipd. Tudi te rezultate moramo omeniti v NRRP ter opisati, kako bomo z njimi ravnali.
📌Primer s področja naravoslovja in ved o življenju
Poleg podatkov bodo v okviru našega projekta nastali različni raziskovalni rezultati, vključno z računalniškimi modeli in delotoki. Modeli in delotoki bodo deljeni na platformah, kot so GitHub in FAIRDOMHub, skupaj z informacijami o različicah, licencami, parametri in minimalnimi vhodnimi in izhodnimi podatki.
Organiziranje in dokumentiranje podatkov
Skrbno organizirajmo raziskovalni proces in zagotovimo celovito dokumentacijo, ki je ključnega pomena za uporabljivost raziskave. Dokumentacija vključuje bistvene podrobnosti, ki bodo uporabnikom pomagale pri iskanju in dostopu do raziskave, kot so: kdo je ustvaril podatke, datum nastanka, pod katerimi pogoji je mogoče dostopati do njih. Med dokumentacijo sodi tudi gradivo, ki opisuje raziskovalne postopke, vsebino raziskave in raziskovalne rezultate. Dobra praksa je, da se v času priprave NRRP pozanimamo o zahtevah in priporočilih repozitorija, v katerem nameravamo objaviti svoje podatke.
📌Primer za področje naravoslovja in ved o življenju
Zagotovimo jasne in strukturirane metapodatkovne opise, ki vključujejo:
- Minimalne informacije o eksperimentu: podroben zapis o načrtu poskusa, metodah in tehnologiji, ki omogočajo ponovljivost.
- Opise merjenih spremenljivk: definicije, merske enote in identifikatorje merjenih spremenljivk.
- Glavno datoteko z opisi vzorcev in edinstvenim identifikatorjem za vsak vzorec.
- Ravnanje z vzorci in postopki: opisi ravnanja z vzorci, vključno z laboratorijskimi protokoli.
- Analitične podrobnosti: informacije o skriptah, delovnih postopkih, orodjih in različicah, uporabljenih med analizo.
- T. i. datoteke PreberiMe (ReadMe) v strojno berljivem formatu (npr. .md), ki vsebujejo prosto besedilo z razlago vsebine map, sprememb v datotekah itn.
- Seznam ontologij in standardov.
- Seznam povezave do publikacij, ki se sklicujejo na podatke.
📌Primer za področje družboslovja in humanistike
Dokumentacija, ki je v pomoč pri razumevanju raziskave in jo bomo potrebovali za podatkovno objavo:
- Pravne podlage za obdelavo in deljenje oziroma objavo podatkov:
- Primer informacijskega dokumenta ali pisma
- Primer soglasja udeležencev raziskavi
- Vzorec pogodbe o uporabi podatkov ali uporabniški pogoji
- Dovoljenje naročnika za deljenje podatkov, npr. če je zasebni naročnik
- Podatki:
- Gradivo, potrebno za izvedbo raziskave
- Vprašalnik ali drug instrument za zbiranje podatkov
- Protokol zbiranja podatkov
- Pokazne kartice ali drugo gradivo, namenjeno udeležencem raziskave
- Navodila za zbiralce podatkov
- Navodila za udeležence
- Kodirna knjiga, seznam kod oz. kategorij, šifrant
- Drugi raziskovalni rezultati
- Poročilo, ki nastane neposredno po raziskavi – raziskovalno poročilo
- Publikacije, ki so nastale na podlagi podatkov
Dokumente opišemo z metapodatkovnim opisom, ki ga priporoča izbrani repozitorij, npr. DDI.
Obdelava podatkov
Obdelava obsega pripravo podatkov za analizo, vključuje čiščenje in preverjanje kakovosti podatkov in je ključnega pomena, saj ima kakovostno gradivo večji potencial uporabe.
Priprava matičnih datotek: opišemo, katere datotek bomo izbrali za matične in s katerimi orodji jih bomo pripravili za analizo.
Zagotovitev kakovosti: opišemo, kako bomo zagotovili celovitost, kakovost in verodostojnost podatkov in spremnega gradiva. V pomoč so strategije in protokoli za zbiranje in obdelavo podatkov, npr. kalibracija, ponovljeni vzorci ali meritve, standardiziran zajem podatkov, kontrola pri vnosu podatkov, pregledovanje oz. recenziranje podatkov, označevanje s kontroliranimi besedišči, pa tudi previdnostne ukrepe pred in med obdelavo podatkov.
Ohranjanje podatkov
Raziskovalne podatke, metapodatke ter varnostne kopije moramo med raziskavo zaščititi pred izgubo, poškodovanjem ali drugimi nepooblaščenimi posegi. V NRRP opišemo, kako bomo gradivo ohranjali med izvajanjem raziskave:
Varna hramba: opišimo, kje bomo podatke hranili med raziskovanjem in kako pogosto bomo delali varnostne kopije. Priporočljivo je, da jih hranimo na dveh fizično ločenih lokacijah, prednostno uporabimo robustne storitve z avtomatskim varnostnim kopiranjem, ki je uveljavljeno na lastni raziskovalni organizaciji. Odsvetuje se hramba na prenosnih računalnikih, samostojnih trdih diskih, ali na zunanjih enotah, kot npr. USB. Opišimo, kako bomo podatke obnovili, če se z njimi zgodi kaj nepredvidenega.
Nadzor nad podatki: opišimo, kdo bo imel dostop do podatkov med raziskovanjem, s katerimi ukrepi bomo nadzorovali dostop. V NRRP navedimo morebitne pravilnike raziskovalne organizacije ali partnerskih organizacij, ki bodo določali naše delovanje.
Zaščita podatkov
Nekaterih podatkov zaradi njihove občutljive narave ne moremo deliti brez varnostnih ukrepov. Odgovoriti moramo tudi na etična in pravna vprašanja, ki jih predvidimo že pri snovanju raziskave. Od teh vidikov je odvisno, kako bomo podatke delili v času raziskovanja in v kakšnem obsegu ter pod katerim režimom dostopa jih bomo delili v izbranem repozitoriju. V NRRP opišemo:
- Na kateri pravni podlagi bomo obdelovali podatke? Npr. privolitev udeležencev, zakoniti interes, pogodba o uporabi, uporabniški pogoji, drugo. Če delamo z osebnimi podatki, bomo zagotovili skladnost z zakonodajo na področju varstva osebnih podatkov (npr. GDPR, ZVOP-2). Opišimo, kako bomo ravnali s posebnimi vrstami osebnih podatkov (gl. 9. člen GDPR).
- Ali obstajajo etična ali pravna vprašanja, ki bi lahko vplivala na deljenje podatkov? Če da, se lahko za podporo obrnemo na pristojno komisijo za etična vprašanja, pomoč poiščemo pri osebi odgovorni za varstvo osebnih podatkov na raziskovalni organizaciji, v pravni pisarni ali pri kakšnem drugem pristojnem organu.
- Kako bomo zaščitili občutljive podatke? V NRRP opredelimo varnostne ukrepe, ki jih bomo uporabili za zaščito osebnih podatkov, predvidimo tveganja in njihovo obvladovanje. Opišimo aktivnosti za zaščito podatkov, npr. anonimizacija, psevdonimizacija, omejen dostop do podatkov. Sklicujemo se lahko na politike zaščite podatkov na lastni raziskovalni organizaciji.
- Ali bodo vsi podatki odprto dostopni? Če ne bodo, moramo pojasniti, zakaj. Najpogostejši razlogi so varstvo osebnih podatkov, varnost oseb ali države, varstvo redkih oz. ogroženih vrst organizmov, varstvo poslovnih skrivnosti ali druge zakonske omejitve. Opišemo tudi, ali je mogoče sprejeti ukrepe za zmanjšanje oz. odpravo teh omejitev.
- Na kakšen način bo v primeru omejitev pri uporabi omogočen dostop do podatkov med izvajanjem projekta in po njegovem zaključku? Pojasnimo tudi, kako bomo kljub omejitvam opisali raziskavo in podatke predstavili, da bo zagotovljena transparentnost in izpolnjeno načelo »odprti, kolikor je mogoče in zaprti, kolikor je nujno«. Dostop do podatkov je mogoče zagotoviti izbranim osebam npr. na daljavo z avtentikacijo ali v varni sobi v prostorih raziskovalne organizacije, kar predvidimo ob snovanju raziskave. Omenimo tudi, ali bo za dostop potrebno pridobiti dovoljenje pooblaščene osebe ali organa (npr. pooblaščenca za varstvo osebnih podatkov ali etične komisije).
- Kako bomo uredili lastništvo avtorskih pravic in pravic intelektualne lastnine podatkov, ki jih bomo ustvarili ali ponovno uporabili. Raziskovalni podatki običajno nastajajo v okviru projektov z več projektnimi sodelavci oz. konzorcijskimi partnerji, zato je pomembno urediti medsebojna razmerja z vidika avtorskih pravic in pravic intelektualne lastnine vseh raziskovalnih rezultatov ustvarjenih v raziskovalnem projektu. V NRRP opredelimo, katera organizacija ali fizična oseba bo lastnik teh pravic ter s kakšnimi licencami bodo podatki licencirani. Uveljavimo licence, ki dovoljujejo dostop do podatkov in njihovo ponovno uporabo. Poleg NRRP je priporočljivo ta vprašanja urediti tudi v konzorcijskem sporazumu.
Objava podatkov
Podatkovna objava je pomemben prispevek k odprti znanosti in je zadnji korak v življenjskem krogu raziskovalnih podatkov. Na vsakem koraku življenjskega kroga moramo biti posebej pozorni na to, da bomo izpolnili vse pogoje, ki nam bodo omogočili objavo podatkov in drugih raziskovalnih rezultatov. V NRRP v zvezi z objavo podatkov vpišemo:
- Opišemo, katere podatke in gradiva načrtujemo objaviti: morda vsi ne bodo dovolj kakovostni in uporabljivi, da bi opravičili strošek trajnega skrbništva. Premislimo tudi, katere moramo vendarle objaviti, da bomo zagotovili transparentnost in preverljivost raziskave.
- Opišemo, kdaj načrtujemo podatkovno objavo: dobra praksa je, da podatkovno bazo objavimo, ko je pripravljena za analizo. Če bomo objavo odložili na kasnejši čas, navedimo razloge, npr. čakanje na objavo publikacije, zaščite intelektualne lastnine ali patenta.
- Opišimo, kdo bo lahko uporabljal podatke: priporočljiv je odprt dostop oz. sledenje načelu »odprti, kolikor je mogoče, zaprti, kolikor je nujno«. Navedimo, če bo dostop omejen, npr. samo za kvalificirane raziskovalce, in pojasnimo, zakaj in na kak način.
- Opišimo, če bodo uporabniki rabili specifična orodja ali programe za ponovno uporabo podatkov: priporočljiva je raba nelicenciranih in uveljavljenih orodij in programov, vključno z njihovo trajnostjo.
- Opišimo, v katerem repozitoriju načrtujemo objavo in z informacijami o izbranem repozitoriju pokažimo, kako bomo izpolnjevali načela FAIR: priporočeno je, da so kakovostni podatki in druga povezana gradiva arhivirani in prednostno objavljeni v področnem zaupanja vrednem repozitoriju. Če tega iz upravičljivih razlogov ni mogoče zagotoviti, načrtujemo objavo v institucionalnem ali splošnem repozitoriju. V NRRP navedemo ime izbranega repozitorija in povezavo do njega, opišemo razloge za izbor repozitorija in njegove prednosti. Na spletni strani repozitorija pridobimo informacije, ki bodo potrjevale možnosti izpolnjevanja načel FAIR, in jih vpišemo v NRRP:
- S katerim trajnim identifikatorjem bodo označena gradiva? Npr. DOI, Handle, URN itd.?
- Kateri metapodatkovni standard bo uporabljen pri pripravi podatkovne objave? Npr. DDI … Področni repozitoriji uporabljajo področne metapodatkovne standarde in so zato priporočena izbira.
- Katere geslovnike, nadzorovane besednjake repozitorij uporablja za določanje ključnih besed? Če splošni ali institucionalni repozitoriji teh informacij ne ponujajo, poiščemo uveljavljene besednjake in nadzorovana besedišča na svojem področju in jih vpišemo v NRRP. Na področju družboslovja je to npr. ELSST, CVS – CESSDA Vocabulary Service.
- V katerem režimu dostopa načrtujemo objaviti podatke? Preverimo, kakšne režime dostopa zagotavlja izbrani repozitorij. Npr. dostop, omejen samo za raziskovalne namene, odprt dostop, embargo, drugo.
- Preverimo zmogljivosti repozitorija: obseg in količina gradiva, ki ga sprejmejo, za kakšno obdobje zagotavljajo skrbništvo (tj., koliko časa bodo podatki tam lahko dostopni?)
- Preverimo, katere licence ponuja izbrani repozitorij in izberemo najprimernejšo, s katero bomo označili digitalne objekte, vključene v podatkovno objavo.
- Če podatki ne bodo shranjeni v zaupanja vrednem repozitoriju: je treba opisati načine, s katerimi bomo vendarle zagotovili varnost podatkov in trajno skrbništvo.
🕮 Dodatni viri